В каком случае начислять бонусы за регистрацию

Если в настройках модуля установлено, что Событием регистрации считается "Регистрация пользователя через форму регистрации" то бонусы за регистрацию будут начисляться только при регистрации пользователей непосредственно в стандартной форме регистрации битрикс.

Если в настройках модуля установлено, что Событием регистрации считается "Любое добавление пользователя", то бонусы за регистрацию будут начисляться при любом добавлении пользователя.