Если оформление заказа стандартное или из готового решения с поддержкой модуля - сначала включите автоинтеграцию. Отдельная доработка шаблона нужна только когда страница оформления своя и автомат не выводит оплату и начисление бонусов.

Техническая инструкция со вставками в шаблон - в разделе для разработчиков:

• кастомное оформление заказа (актуальный шаблон sale.order.ajax);
• старый шаблон оформления.

См. также: для разработчиков.